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Mestre em Engenharia do Ambiente, com especialidade em Tecnologias do Ambiente, Flávio Santos trabalhou 3 anos como investigador na MARETEC, centro de investigação na área de modelação ambiental da costa marítima e de bacias hidrográficas do Institudo Superior Técnico, Universidade de Lisboa. Trabalhou em projetos de modelação de albufeiras, de redes fluviais e de cheias. Na HIDROMOD, trabalha em projetos de modelação de bacias hidrográficas e desenvolvou um modelo de previsão de evapotranspiração e humidade do solo em culturas agrícolas.